La ciudad de Oaxaca cuenta con una gran variedad de museos que se alojan la riqueza arqueológica, histórica y artística del pueblo oaxaqueño. Entre los más importantes destacan:
Museo de Arte Contemporáneo. Se localiza en calle de Macedonio Alcalá núm. 202, al norte del centro histórico. Este legendario inmueble que se dice fue habitado por el conquistador Hernán Cortés, es en la actualidad uno de los ejemplos más significativos de la arquitectura civil de la época virreinal en Oaxaca. Abierto de miércoles a lunes de 10:30 a 20:00 hrs.
Museo de las Culturas de Oaxaca. Se ubica en el interior del Ex Convento de Santo Domingo de Guzmán, en calle Macedonio Alcalá esquina con Adolfo Gurrión. En sus salas de exhibición podrá admirar una importante colección de piezas arqueológicas de las diferentes culturas que habitaron en el estado de Oaxaca, durante la época prehispánica, destacando las joyas que conforman el tesoro de la Tumba 7, encontrado por el arqueólogo Alfonso Caso en Monte Albán. Abierto de martes a domingo de 10:00 a 20:00 hrs.
Museo de Arte Prehispánico Rufino Tamayo. Ubicado en Av. Morelos núm. 503, este recinto aloja una importante colección (que incluye cerca de mil objetos originales de arte prehispánico) recabada durante 20 años por este célebre pintor oaxaqueño. Abierto de lunes a miércoles de 10:00 a 14:00 y de 16:00 a 19:00 hrs.; domingos de 10:00 a 15:00 hrs.
Museo Casa de Juárez. Se ubica en la 6a. calle de García Vigil núm. 609. En sus habitaciones podrá admirar algunos objetos personales del "Benemérito de las Américas", así como varios documentos de la época de la guerras de Independencia, Reforma y la Intervención francesa. Abierto de martes a sábado de 10:00 a 19:00 hrs.; domingos de 10:00 a 17:00 hrs.
Centro Fotográfico Manuel Álvarez Bravo. Se ubica en calle Murguía núm. 302. Alojado en una casa del s.XVIII, este recinto ofrece al visitante la oportunidad de conocer, mediante exposiciones, retrospectivas y archivos, la obra del fotógrafo mexicano Manuel Álvarez Bravo. Abierto de lunes a viernes de 9:30 a 20:00 hrs., sábados de 9:30 a 15:00 hrs.
Instituto de Artes Gráficas de Oaxaca. Se ubica en la calle Macedonio Alcalá núm. 507. Donado por el pintor oaxaqueño Francisco Toledo, este recinto aloja una interesante colección de obras de reconocidos artistas mexicanos y del mundo, como Henri de Toulouse-Lautrec, Francisco de Goya y Lucientes; José Guadalupe Posada, Rufino Tamayo y Alfredo Zalce, entre otros. Abierto de lunes a viernes de 9:30 a 20:00 hrs.
Museo de Filatelia de Oaxaca. Ubicado en calle de Reforma núm. 504, en el centro histórico, este recinto fue creado, en 1998, como un centro de difusión para este pasatiempo tan popular a nivel mundial. El museo conserva un importante acervo de estampillas que datan desde el s.XIX. Abierto de martes a domingo de 10:00 a 20:00 hrs.
El museo vivo de la tortuga marina, se encuentra en la playa de Mazunte; tiene como objetivo proteger a las tortugas marinas y salvarlas de la extinción; en él se exhiben todas las especies de tortugas marinas que habitan en los litorales de México. Para llegar desde Puerto Escondido tome la carretera federal 200, avance hasta la población de San Antonio y desvíese a la izquierda por la carretera pavimentada hasta llegar a Mazunte.